Niektóre formy wytwarzają również mykotoksyny, które mogą stanowić poważne zagrożenie dla zdrowia ludzi i zwierząt. Niektóre badania dowodzą, że narażenie na wysokie poziomy mykotoksyn może prowadzić do problemów neurologicznych, aw niektórych przypadkach do śmierci. Długotrwałe narażenie, np. Codzienne narażenie w domu, może być szczególnie szkodliwe. Badania wpływu pleśni na zdrowie nie były jednoznaczne. Termin "toksyczna pleśń" odnosi się do pleśni wytwarzających mikotoksyny, takich jak Stachybotrys chartarum, a nie do wszystkich form.
Pleśń w domu można zwykle znaleźć w wilgotnych, ciemnych lub zaparowanych miejscach, np. W łazience lub kuchni, zaśmieconych magazynach, niedawno zalanych obszarach, piwnicach, pomieszczeniach sanitarnych, obszarach o słabej wentylacji i na zewnątrz w wilgotnym środowisku. Objawami alergii na pleśń są: łzawienie, swędzenie oczu; przewlekły kaszel; bóle głowy lub migreny; trudności w oddychaniu; wysypki; zmęczenie; problemy z zatokami; niedrożność nosa i częste kichanie.
Pleśnie mogą również stanowić zagrożenie dla zdrowia ludzi i zwierząt, gdy są konsumowane po wzroście niektórych gatunków pleśni w przechowywanej żywności. Niektóre gatunki wytwarzają toksyczne metabolity wtórne, łącznie zwane mykotoksynami, w tym aflatoksyny, ochratoksyny, fumonizyny, trichoteceny, cytrynin i patulinę. Te toksyczne właściwości można wykorzystać dla korzyści ludzi, gdy toksyczność jest skierowana przeciwko innym organizmom; na przykład penicylina niekorzystnie wpływa na wzrost bakterii Gram-dodatnich (np. gatunków Clostridium), niektórych krętków i niektórych grzybów